Мехмедагиќ се товари за казниви дела злоупотреба на службена положба или овластувања, фалсификување документи и исправи и перење пари.
Обвинителствот со месеци води истрага поради сомнежите дека Мехмедагиќ набавил фалсификувана факултетска диплома и ја приложил со кандидатурата за нов мандат на чело на државната разузнавачка агенција, но по апсењето, медиумите објавија дека истрага против директорот на ОСА има и за купување две куќи во Сараево.
Во рамки на истрагата за аферата „Диплома“, уапсен е и Денис Прчиќ, сопственик на приватниот Американски универзитет со седиште во Тузла. Прчиќ веќе месец дена е во притвор поради сомневања дека на Мехмедагиќ му овозможил незаконско стекнување диплома.
Сараевската полиција неодамна, од седиштето на ОСА го запленила личното досие на Мехмедагиќ и го доставила до Судот на БиХ. ОСА пред тоа, одвила да ја предаде таа документација со образложение дека таа претставува службена тајна чие оддавање може да им наштети на активностите на анецијата.
Мехмедагиќ беше избран за директор на ОСА како чоек близок на претседаелот на Партијата за демократска акција на Бакир Изетбеговиќ, кој побара по истекот на првиот петгодишен мандат на Мехмедагиќ даму се довери уште еде мандат. Потоа се појавија сомнежите во неговото образование затоа што немаше веродостојни докази дека тој воопшто некаде дипломирал.
Просаветната инспекција на Република Српска му ја поништи дипломата стекната на еден приватен факултет во Бања Лука откако утврди дека не ги положил сите предвидени испити, а потоа Мехмедагиќ ја достави дипломата од Американскиот универзитет на Денис Прчиќ.