Богдановски за првпат ќе биде оквалификуван како противник на Југославија по состанокот со Владо Дапчевиќ, еден од творците на Новата комунистичка партија на Југославија, формирана со поддршка од тогашниот СССР. Донесена е одлука за доведување на Драган Богдановски во Југославија и негово судење.Судскиот процес против него е организиран зад затворени врати, на кој процес е осуден на 13 години затвор. Помилуван е во 1988 година.
По излегувањето од затвор во 1988 година, кратко време живее во Скопје, каде ја подготвува програмата за формирање на национална политичка партија во Македонија (која е отпечатена во весникот „Млад Борец”). Таа партија по идеја на Драган Богдановски треба да се вика „Демократска партија на македонско национално единство”, ДПМНЕ. Во 1990 година заедно со Гојко Јаковлевски од Берлин, се состануваат во Минхен, каде се донесува одлука за формирање на партијата со предзнак ВМРО. На состанокот присуствуваат и Љупчо Георгиевски, Борис Змејковски и Владо Транталовски од Ресен, по што партијата се формира и регистрира во Македонија.
На првиот конгрес на ВМРО ДПМНЕ, одржан во Прилеп на 6 и 7 април 1991 г., Богдановски е избран за почесен претседател на партијата, а од 1991 до 1993 г. е претседател на Задграничниот комитет на ВМРО ДПМНЕ за Европа.